2000年7月成立计算机学院以后，内部管理体制和组织机构主要有四次较大的调整：

　　2000年7月成立计算机学院，组织机构主要为计算机科学与技术系和计算机基础教学部，计算机科学与技术系下辖计算机应用、计算机软件和计算机网络三个教研室，同时设有相应的研究所和实验室。

　　2002年7月软件学院独立建制。软件学院下辖软件工程系和网络工程系，设有软件工程教研室、网络工程教研室和教育技术学教研室。

　　2004年10月，计算机学院与软件学院合并，组成新计算机学院。学院下辖计算机科学与技术系、软件工程系、网络与数字媒体技术系和计算机基础教学部，同时设有相应的教研室、研究所和实验室。

　　2006年6月，学院成立计算机应用技术研究所、智能与软件技术研究所、图形图像研究所、计算机基础教学部和教育技术学教研室. 2012年11月成立认知与智能计算研究所。2011年9月撤销教育技术学教研室。
        2015年3月11日，撤销计算机学院、软件工程学院，成立新的计算机学院。同时成立软件学院，计算机学院和软件学院合署办学，实行“一套班子、两块牌子”。 同时
        2015年4月，原软件工程研究所更名为计算机软件研究所。

办公室名称	办公地点	联系方式
书记室	第一实验楼南三楼303	0571-86919111
院长室	第一实验楼南三楼301	0571-86919110
副院长室(科研管理)	第一实验楼南三楼311	0571-86919095
副院长室(本科生教育)	第一实验楼南三楼305	0571-86919112
副书记室	第一实验楼南三楼309	0571-86919091
学院办公室	第一实验楼南三楼307	0571-86919113
院士办公室	第一实验楼南二楼201-203	0571-86919115
教学办公室	第一实验楼南二楼207	0571-86919117
科研/研究生办公室	第一实验楼南二楼205	0571-86919093
工程硕士办公室	第一实验楼南二楼209	0571-86919159
学生工作办公室（1）	第一实验楼南一楼101	0571-86919097
学生工作办公室（2）	第一实验楼南一楼103	0571-86919114
学生工作办公室（3）	第一实验楼南一楼105	0571-86919096
学生工作办公室（4）	第一实验楼南一楼107	0571-86919094
学生工作办公室（5）	第一实验楼南二楼211	0571-86919098